Pusat Jasa Informasi Perpustakaan dan Pengelolaan Naskah Nusantara merupakan unsur pelaksana yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Deputi Bidang Pengembangan Bahan Pustaka dan Jasa Informasi. Pusat Jasa Informasi Perpustakaan dan Pengelolaan Naskah Nusantara dipimpin oleh Kepala Pusat (Eselon II). Susunan organisasi Pusat Jasa Informasi Perpustakaan dan Pengelolaan Naskah Nusantara terdiri atas kelompok jabatan fungsional.